Facelift Pertama (2008)

Fortuner versi facelift dipaparkan pada event Indonesia International Motor Show tahun 2008. Model ini mempunyai lampu depan baru model projektor, gril model baru, lampu belakang rekaan baru, serta roda aloi baru. Reka bentuk gril dan lampu depan senada dengan reka bentuk Toyota Land Cruiser siri 200. Interiornya juga mendapat warna baru, panel kayu dan udara untuk tempat duduk baris kedua dan ketiga. Fortuner 2.5 G juga boleh didapati dengan TRD Sportivo body kit, yang juga merupakan aksesori tambahan yang boleh dipasang pada fortuner 2.7 G.

Facelift Kedua (2011)

Fortuner kembali mendapat facelift pada tahun 2011 yang ditandai dengan perubahan lebih besar pada bahagian depan, belakang, serta dalaman. Bahagian depan mempunyai banyak perubahan reka bentuk pada jeriji, lampu depan dan bumper. Reka bentuk jeriji sekarang mempunyai 3 garis utama melintang, lampu depan model projektor mempunyai reka bentuk baru, rumah lampu kabut depan direka semula bersama bumper depan yang kini dilengkapi scuff plate yang membuatnya lebih rata berbanding model sebelumnya. Bumper bahagian belakang direka semula bersama dengan kelompok lampu belakang. Lampu belakang sekarang bening berbentuk membundar dan bersepadu. Pedalaman terutama konsol tengah dan setir berubah sedikit berbanding versi terdahulu yang sangat mirip Kijang Innova.

Tahun 2012, enjin diesel 2.5L commonrail turbodiesel jenis 2KD-FTV ditambah Variable Nozzle Turbocharger sehingga makin bertenaga. 2014 kereta ini dalam versi diesel dengan 4x4 dan 2016 Fortuner harus memakai 2.0 turbodiesel jenis DW10 FC (milik PSA Peugeot Citroën) yang bertenaga 180 dk dan berteknologi Blue VNT yang lebih berkesan berbanding 2.5 commonrai diesel.